Sora se réveille, seul dans un monde inconnu, la Ville de Traverse, il a une étrange arme à la main, une sorte d'épée en forme de clé. Un jeune homme du nom de Léon (mais son vrai nom est Squall) accompagné d'une jeune fille nommé Youffie (personnages des Final Fantasy VIII et VII respectivement) se présente à notre héros et lui explique que son île a été attaquée par des Sans-C½ur. Ces créatures seraient des êtres des ténèbres qui auraient pour but de voler le c½ur des gens et de détruire les différents mondes en entrant par les Serrures. L'arme dont Sora a hérité serait la Keyblade, Une clé permettant de verrouiller les Serrures des mondes pour empêcher les Sans-c½ur de voler le c½ur des gens.
Dans la Ville de Traverse, au même moment, Dingo et Donald se font interpeller par une jeune fille du nom d'Aerith (Final Fantasy VII), elle leur explique que la clé qu'il recherche est dans cette ville, avec son porteur : Sora. Sora, Donald et Dingo se retrouvent, et décident de partir dans les différents mondes afin de verrouiller les Serrures, et en même temps de rechercher le roi, Riku et Kairi.
Ils visitent ainsi les mondes de la Jungle profonde (Tarzan), du Pays des Merveilles (Alice au pays des merveilles), du Colisée de l'Olympe (Hercule), d'Agrabah (Aladdin), de la Ville d'Halloween (L'Étrange Noël de monsieur Jack), d'Atlantica (La Petite Sirène), de Monstro (Pinocchio), du Pays Imaginaire (Peter Pan), de la Forêt des Rêves bleus (Winnie l'ourson) et en ferment les Serrures. Ils assistent également aux enlèvements par les Sans-c½ur d'Alice et de la princesse Jasmine, sans en comprendre la raison.
Pendant leur périple, ils récupèrent des feuilles, les Rapports d'Ansem. Cet homme était un scientifique qui a longuement étudié les Sans-c½ur. Le trio cherche donc à le retrouver. Ils croiseront également de temps à autre Riku, qui semble de plus en plus attiré par les Ténèbres.
Alors qu'ils arrivent dans le monde de la Forteresse Oubliée, ils rencontrent justement Riku. Ce dernier affirmant être le véritable porteur de la Keyblade et ce depuis le début s'empare de cette dernière laissant Sora sous le coup de cette mauvaise surprise. Donald et Dingo, suivant les ordres de leur Roi, accompagnent Riku et laissent Sora, seul avec pour seule arme son épée de bois, avec laquelle il jouait sur l'Île de la destinée. Mais il fait la rencontre de la Bête, un être dont le monde a été détruit par les Sans-c½ur et qui vient reprendre son aimée, Belle.
Quand ils retrouvent Riku, Sora bien que dépossédé de son arme se rend à ce moment compte d'où il tire sa véritable force : de son c½ur et des amis chers qui l'entourent. Suite à cette prise de conscience, la Keyblade disparaît des mains de Riku pour revenir dans celle de son véritable propriétaire. S'ensuit un affrontement dont Sora, Donald et Dingo sortent vainqueurs. Riku fuit.
Alors qu'ils explorent la forteresse, ils rencontrent Maléfique, (La Belle au bois dormant) qui dirige les Sans-C½urs, mais la détruisent facilement. Plus loin, ils trouvent une salle où sont détenues sept personnes, inanimées : Blanche-Neige, Cendrillon, Aurore, Alice, Belle, Jasmine et Kairi. Riku, possédé par l'esprit d'Ansem, lui explique que ces sept jeunes files sont les sept Princesses de c½ur qui ouvriront la porte vers Kingdom Hearts, le monde des c½urs. Il révèle également à Sora que Kairi a perdu son c½ur, et qu'il est détenu par Sora. Seule la Keyblade des ténèbres, que porte Riku, peut le libérer. Sora bat Riku-Ansem, qui s'enfuit dans les Ténèbres, s'empare de la Keyblade d'Ansem, et libère son c½ur, devenant par la même occasion un Sans-c½ur. Donald, Dingo et Kairi prennent la fuite, mais Kairi reconnaît Sora en Sans-c½ur, et par le lien puissant que leurs c½urs ont créé, lui fait reprendre apparence humaine. En fait, elle a fait en sorte que Sora et elle partagent le même c½ur.
Après avoir emmené Kairi à la Ville de Traverse, Sora, Donald et Dingo reprennent la route de la Forteresse Oubliée pour en fermer la serrure. Puis ils partent à la Fin des mondes, où se trouvent les restes des mondes détruits par les Sans-c½ur. Au plus profond, ils retrouvent Ansem, et le détruisent. Dans un dernier geste, Ansem tente d'ouvrir le Kingdom Hearts pour gagner le pouvoir des Ténèbres, mais la force du c½ur de Sora le remplit de lumière, et Ansem est définitivement vaincu. Alors qu'ils vont refermer la porte, ils voient Riku et le Roi Mickey du côté des ténèbres. Ils ferment néanmoins la porte. Les mondes détruits se reforment alors, les emmenant loin de Kairi. Sora lui promet de venir la retrouver.
